Il sistema di assicurazione della qualità riguarda le Università e le Istituzioni AFAM e le relative sedi che sono chiamate a dimostrare il possesso dei requisiti di accreditamento iniziale per essere autorizzate ad operare e quelli di accreditamento periodico per dare continuità alle proprie attività e garantire il miglioramento continuo. 

I protocolli e le procedure di valutazione dell’ANVUR, secondo quanto stabilito dalla normativa ministeriale e in coerenza con gli standard internazionali, prevedono il rispetto di specifici requisiti, che vengono verificati da panel di esperti nominati dall’Agenzia. La verifica avviene attraverso l’analisi della documentazione richiesta alle istituzioni e la conduzione di visite in loco o a distanza. 
Sulla base dei rapporti formulati dai panel di esperti, il Consiglio direttivo dell’Agenzia si esprime in merito all’accreditamento iniziale o periodico dell’istituzione. La delibera dell’Agenzia viene tramessa all’istituzione interessata e al Ministero dell’Università e della Ricerca (MUR) per l’adozione del provvedimento formale di accreditamento o non accreditamento.