Gli organi dell’Agenzia nazionale di valutazione del sistema universitario e della ricerca sono stabiliti dal Regolamento sulla struttura e il funzionamento dell’ANVUR.
Gli organi dell’Agenzia sono:
- Il Presidente, eletto all'interno del Consiglio direttivo con una maggioranza di due terzi degli aventi diritto. Egli convoca e presiede le sedute del Consiglio, coordinandone i lavori e supervisionando l’attuazione delle delibere. Tra i membri del Consiglio designa un Vicepresidente che lo sostituisce in caso di assenza o impedimento.
- Il Consiglio direttivo è l'organo responsabile dell'indirizzo politico e strategico dell'Agenzia. Tra i suoi membri viene eletto il Presidente, che diventa il rappresentante legale dell'ente. Il Consiglio ha il compito di definire come deve essere svolta la valutazione, stabilendo regole e metodi precisi. Si occupa anche di pianificare le attività future dell'Agenzia e di approvare sia i risultati delle valutazioni effettuate che i bilanci. Inoltre, su proposta del Presidente, ha il potere di nominare il Direttore dell'Agenzia.
- Il Collegio dei revisori dei conti, cui spetta la funzione di controllo dell’attività amministrativa e contabile dell’Agenzia.
La carica di Presidente, componente del Consiglio direttivo e componente del Collegio dei revisori dei conti ha una durata di sei anni, senza possibilità di rinnovo. Se il Presidente o un componente di un organo cessano dalla carica prima della scadenza del proprio mandato, il sostituto nominato resta in carica per la durata residua del mandato.